Laboratoř molekulární genetiky byla zprovozněna v roce 2011. Od roku 2018 ji spravuje Katedra ekologie. Podílí se na praktické výuce k odborným předmětům, je využívána k řešení vědeckovýzkumných projektů zabývající se analýzou DNA. Poskytuje zázemí, přístrojové vybavení a technickou podporu a konzultace pro zaměstnance a studenty ČZU. Laboratoř molekulární genetiky FŽP je poloservisní pracoviště. Personál provede zaškolení uživatele laboratoře, ten si nadále svůj projekt vede a provádí sám v rámci bezpečnostních a dalších pravidel provozu laboratoře. Většinu kitů a chemikálií financují uživatelé z projektů, laboratoř nabízí spotřební materiál a vybrané analýzy, za které si účtuje poplatky dle ceníku. Ve dvou oddělených laboratořích je vymezen prostor pro jednotlivé molekulárně genetické metody. Z020 - PRE – PCRProstor pro přípravu materiálu, pro extrakci a měření genomické DNA, čistý prostor pro přípravu PCR reakce -UV box, super čistý prostor pro přípravu knihoven - UV box s laminárním prouděním včetně cycleru Z020 – vestavbaSekvenátor a příslušenství pro kapilární elektroforézu Z014 - POST – PCRPolymerázová řetězová reakce a práce s PCR produkty, gelová elektroforéza, příprava fragmentační a sekvenační reakce Soubory ke stažení Ceník technických služeb a analýz 2022 2022-cenik.pdf Velikost 142.39 kB Stáhnout soubor Price list 2022 semi-service techniques and analyses 2022-price-list-1-.pdf Velikost 135.43 kB Stáhnout soubor Návod k využití služeb sekvenátoru FŽP navod-k-vyuziti-sluzeb-sekvenatoru-fzp.pdf Velikost 220.6 kB Stáhnout soubor
Poskytneme poradenství při přípravě projektů: časový rámec metod, jejich proveditelnost (optimalizace), rozpočty.. Doporučíme postup pro analytickou část projektu, případně umožníme přístup k softwaru potřebnému k analýzám a statistickému zpracování výsledků. Metodiky sběru/odběru a uchování biologického materiálu tak, aby odpovídaly možnostem daným prostředím a zároveň aby získaný materiál byl v optimální kondici pro plánované analýzy. Nabízíme zaučení, poradenství a pomoc s metodami které jsou již v laboratoři zavedeny. Dále nabízíme prostor pro zavádění nových technik v rámci možností přístrojového vybavení naší laboratoře. Techniky používané v LMG: Homogenizace biologického materiálu pro další molekulární a biochemické analýzy Extrakce DNA z různých biologických materiálů a environmentálních vzorků, ověření její kvality a koncentrace spektrofotometricky, elektroforeticky, fluorometricky Přečištění DNA s použitím enzymů, vysolením, na silikátových kolonkách, nebo magnetickými partikulemi Sonikace DNA Polymerázová řetězová reakce (PCR) Elektroforéza na agarosovém gelu včetně extrakce požadovaného DNA fragmentu Sangerovo sekvenování – fragmenty do 500 bp (přečištění, sekvenační reakce, kapilární elektroforéza) Fragmentační analýza – mikrosatelity (denaturace, kapilární elektroforéza) Příprava sekvenačních knihoven pro Illumina sekvenování Cílené nabohacení sekvenačních knihoven (targeted enrichmnet, Hyb-Seq) Příprava RADseq knihoven Příprava knihoven pro amplikonové sekvenování (např. pro metabarcoding) Soupis využívaných přístrojů soupis-pristroju-1-.xlsx Velikost 12.54 kB Stáhnout soubor
Ing. Dijana Čortan, Ph.D. Who I am / roles or functions in the laboratory and school?I am junior researcher and I am a member of Plant Biodiversity and Evolution Research Group. Why am I here?I am working on several projects related to plant ecology, population genetics, phylogeography. My main focus is on RADseq, from wet lab fun to never-ending data processing. What do I enjoy most here?I am enjoying in diversity that I have in my work, there are always some excitements. Ing. Tereza Pospíšilíková Kdo jsem/role či funkce v laboratoři a škole?Jsem studentka doktorského studia a zároveň laborantka na pozici THP a jsem členem Výzkumné skupiny zabývající se biodiverzitou a evolucí rostlin. Proč jsem tady?Pouto k mé alma mater a ke všemu zelenému Co mě tady nejvíc baví?Moc mě baví práce v laborce, dál práce na zahradě, ale jen dokud to baví i moje záda, moji kolegové =) Ing. Gabrielle Amanda Filippi Who I am / roles or functions in the laboratory and school? I am an Ecology PhD student and I am a member of Plant Biodiversity and Evolution Research Group. Why am I here?I am researching the phylogeny & biogeography of Chenopodium album agg. In the lab I mainly use HybSeq, the next-generation technique that combines target enrichment and genome skimming. What do I enjoy most here?I most enjoy the ability of our research group to make challenging research fun. No matter the technique, we work together to determine the most efficient methodology. Ing. Jana Kortanová-Vorlová Mgr. Lucia Marková Kdo jsem? Laboratorní myška. Nadšenec spokojený s pipetou v ruce Proč jsem tady? Tahle práce mne moc baví. Různorodá ale přesná práce v laboratoři je důvod, že sem chodím ráda. Myslím si, že každá laboratorní technika má svoje kouzlo. Co mě baví? Už několik len jsou moje "srdcovka" merlíky (Chenopodium). Na nich aplikuji vše, co jsem se v laborce naučila. Momentálně mi nejvíc učarovala příprava DNA knihoven. Skvěly pracovní kolektiv je už jen třešničkou, proč jsem tady spokojená. V laboratoři řeší své dizertační, diplomové a bakalářké práce:Ing. Karolína MahlerováMSc. Roberto Chiara Lic. Fernando Alfonso Riera Izarra Ing. Veronika FirlováMgr. Markéta SasínkováIng. Tereza PospíšilíkováIng. Gabrielle Amanda FilippiIng. Jan ŠmídIng. Michaela JungováKumar DineshBc. Barbora Tomešová
Studentské projekty Current distribution and strains identification of an amphibian pathogen with enhanced methodology in the Czech Republic (2021-2023)Řešitel: MSc. Roberto Chiara Prevalence of Leucocytozoon infection in the Boreal Owl breeding population in relation to varying environmental conditions (2020-2022)Řešitel: Lic. Fernando Alfonso Riera Izarra Implementing of environmental DNA detection method in the surveillance of amphibian pathogen Batrachochytrium salamandrivorans (2020-2022)Řešitel: Ing. David Lastra González, Ph.D. Surveillance of amphibian fungi in Italy: distribution of the pathogens and detection of their genetic lineages (2020-2022)Řešitel: MSc. Roberto Chiara Genetic structure of urban and nature populations of the fire salamander (Salamandra salamandra): analysis of functional connectivity (2020-2022)Řešitel: Ing. Tomáš Holer Antipredatory behavior of incubating subtropical lapwings (2020-2022)Řešitel: Ing. Kateřina Brynychová Revize rodové fylogeneze podčeledi Silphinae pomocí molekulárních a morfologických metod (2019-2021)Řešitel: Ing. Karolína Mahlerová
Předměty vyučované na katedře ekologie, doporučené pro hladký průběh diplomové či bakalářské práce v naší laboratoři: Úvod do biologiePředstaví a připomene základy molekulární biologie. Student si osvojí znalosti nezbytné pro navazující předměty. Populační genetikaPředmět nabízí přehled základních molekulárně genetických technik využívaných k identifikace DNA polymorfismu u nemodelových organismů. V praktické části se student naučí základní molekulární metody v laboratoři. Molekulární metody v ochraně přírodyPředmět je úvodem do studia ochrany přírody z genetického hlediska. Přednáška pokrývá základní procesy, které ovlivňují genetickou variabilitu organismů. Dále přináší přehled analytických nástrojů k identifikaci těchto procesů v genetických a genomických datech. V praktické části se student naučí zacházet s daty získanými v laboratoři včetně jejich statistického zpracování. Nabídka bakalářských a diplomových prací s možností realizace v naší laboratoři: Mgr. Karol Krak, Ph.D. Repeatome evolution of the A genome species of the Chenopodium album aggregate (diploma thesis) Evolutionary patterns of nuclear ribosomal DNA locus and copy-number variation in the Chenopodium album aggregate (diploma thesis) Evolutonary dynamics of nuclear ribosomal DNA in allopolyploid lineages of Chenopodium album aggregate and their putative parents (diploma thesis) Ing. Jana Svobodová, Ph.D. Genetika ohrožených druhů živočichů (bakalářská práce) Neinvazivní molekulární metody (bakalářská práce) Využití molekulárně genetických metod v ochraně přírody (bakalářská práce) Doc. Ing. Markéta Zárybnická, Ph.D. Vliv potravní nabídky na poměr pohlaví mláďat v hnízdech sýce rousného (Aegolius funereus) Vliv potravní nabídky na přítomnost parazitů rodu Leucocytozoon u dospělců a mláďat sýce rousného (Aegolius funereus)
